A principios del siglo XX, había una hermosa hacienda donde hoy están los terrenos del zoológico. Esta hacienda era propiedad de la distinguida señora Doña Mercedes Sierra de Pérez y se llamaba La Hacienda Santa Fe. En 1951 doña Mercedes donó su hacienda a la Sociedad de Mejoras Públicas de Medellín, S.M.P., con la condición de que la casa principal se conservara como un museo y en los terrenos aledaños se construyera un parque recreativo. De esa forma, en 1959 la Sociedad de Mejoras Públicas de Medellín abrió simultáneamente las puertas del Parque Zoológico Santa Fe y del museo que lleva su mismo nombre.